En la actualidad La Empresa Nacional Portuaria, administra los puertos más importantes de Honduras, puerto Cortés, La Ceiba, Castilla y el puerto de San Lorenzo. no tiene dependencia del gobierno es autosostenible.
El puerto ofrece muelles, cargas especiales para combustibles, para químicos cargas contencionales-en puerto cortes se extienden las siguientes facilidades.para el manejo de grúas de contenedores, trabesales, Puerto Cortés es una bahía natural es por su ubicación la mas importante.
Dentro del puerto además existe una zona libre que fue creada en 1978 siendo su objetivo crear fuentes de empleo.cuenta con una área de 124 hectarias y cuenta con 14 naves industriales.